Podľa odporúčaní OSN pre NPM bol vypracovaný harmonogram návštev, ktorého kritériá zohľadňujú geografické a logistické princípy tak, aby bolo možné vykonať návštevy vo všetkých miestach bez výnimky, kde sa nachádzajú maloleté deti a aby vykonanie návštev bolo systematické, teda opakované v horizonte niekoľkých rokov tak, aby bolo efektívne.
Komisár pre deti sa pri návštevách zariadení zameria na odhaľovanie systémových nedostatkov, ktoré vedú alebo by mohli viesť k zlému zaobchádzaniu s osobami umiestnenými v zariadeniach. Komisár pre deti skúma tak hmotné podmienky pobytu v zariadeniach, ako aj jeho inštitucionálny rámec, a všíma si záruky proti zlému zaobchádzaniu, t. j. mieru zabezpečenia práv osôb obmedzených na slobode a mieru ich praktického uplatňovania. Monitoring vykonávajú zamestnanci ÚKPD najmä rozhovormi s vedením a zamestnancami zariadenia, rozhovormi s deťmi umiestnenými v zariadení, pozorovaním priestorov zariadenia, nahliadaním do spisov a iných úradných záznamov.
Po každom monitoringu sa spracuje správa. Správa sa skladá z jednotlivých častí – monitorovaných oblastí, kde sa popisujú zistené skutočnosti. V prípade zistených nedostatkov obsahuje správa návrh prostriedkov nápravy alebo žiadosť o prijatie opatrení s určenou lehotou na vykonanie nápravy. V prípade, že zariadenie má v nejakej oblasti dobré výsledky, resp. vhodne nastavené postupy, správa môže konštatovať, že takýto postup možno považovať za dobrú prax (tzv. „best-practices“ ako sa uvádza v zahraničí).
Správa sa následne posiela na vyjadrenie monitorovanému zariadeniu, s určenou lehotou na vyjadrenie. Zariadenie sa v určenej lehote má vyjadriť k navrhnutým prostriedkom nápravy/opatreniam a spôsobu ich realizácie. V prípade nedostatočnej odpovede zariadenia, zariadenie bude požiadané o doplnenie informácií, prípadne vzhľadom na charakter situácie bude informovaný nadriadený orgán. V zariadení je spravidla vykonaná komisárom pre deti opätovná návšteva, za účelom preverenia nápravy zistených nedostatkov.
Finálna verzia správy sa zverejňuje v anonymizovanej podobe na webovom sídle ÚKPD a posiela sa koordinačnému orgánu NPM, ktorým je verejný ochranca práv. Sprístupnenie správy a oboznámenie verejnosti s nedostatkami a príkladmi dobrej praxe pomáha napĺňať účel NPM, ktorým je prevencia zlého zaobchádzania.“